Szkolnictwo specjalne -   na terenie Legionowa sięga swoją historią lat sześćdziesiątych. Placówka istnieje od roku 1966, kiedy to w szkołach masowych zaczęto tworzyć oddziały klas specjalnych. Pierwsze lata nauki to okres wędrówek z miejsca na miejsce. Początkowo zajęcia odbywały się na dwie zmiany w jednej izbie lekcyjnej Liceum Ogólnokształcącego. Pracę w tym okresie podjęły dwie nauczycielki.

W następnym roku szkolnym klasy specjalne zostały przeniesione do Szkoły Podstawowej nr 3, do pomieszczenia, które wcześniej pełniło funkcję szatni. Sytuacja zmieniła się w roku szkolnym 1968/69, kiedy to Wydział Oświaty w Nowym Dworze Mazowieckim wydał orzeczenie w sprawie organizacji Szkoły Podstawowej Specjalnej nr 5 w Legionowie. Nastąpiła kolejna przeprowadzka do drewnianego budynku odzyskanego po Szkole Podstawowej nr 2.

Od roku 1993 szkoła mieści się w nowym budynku, który spełnia wszelkie wymogi w zakresie bezpieczeństwa i estetyki pomieszczeń. Budynek został zaprojektowany zgodnie z potrzebami dzieci niepełnosprawnych, wyposażony jest w podjazd przed szkołą i dźwig osobowy, wewnątrz aby umożliwić poruszanie się po terenie szkoły uczniom na wózkach inwalidzkich.